Stejně jako jeho předchůdce se i Hidden & Dangerous 2 odehrává v období druhé světové války a staví hráče do čela jednotky vojáků SAS, kterou vede napříč celou řadou historických misí. Během hry hráč navštíví několik válečných bojišť a vyzkouší si tiché infiltrační operace, čelní útoky i řadu dalších autentických akcí.